У организационој структури Завода функционише радионица која у свом саставу има две физички одвојене и различитим наменама прилагођене радне просторије, односно, радионице. У интерној систематизацији ова радионица је позната као IV сектор. У свом делокругу покрива конзерваторско - рестаураторске радове на непокретним и покретним културним добрима, на различитим носиоцима:
• Зидном сликарству (фреско и секо), зидној пластици (декоративним елементима на фасадама где су материјали камен, гипс и сл.), скулптури (у различитим материјалима и сл.), 
• сликарству и дуборезу на дрвеном носиоцу,
• штафелајном сликарству (на различитим подлогама и носиоцима).
Ове радионице имају вишедеценијску традицију и тенденцију да се квалитативно усавршавају у едукативном и оперативном смислу. Кадровска структура запослених, велико радно искуство на важним пословима у домену заштите културних добара, технички ниво опремељености (машине, алати и апарати за специфичне намене), омогућују висок квалитет рада. 
Важан сегмент рада ове радионице је и вођење текстуалне и фото документације пре, за време и након радног процеса. Сврха документовања важна је како због интерног архивирања, тако и због значаја података у смислу коришћења материјала и избора метода, јер један од основних принципа у конзервацији подразумева реверзибилност (уклоњивост, замењивост адекватнијим материјалом).
Радионица има савремен принцип рада, прати нове трендове у погледу начела превентивне заштите (избор материјала, метода и опреме), активно ради на едукацији (стручна размена, стручни скупови, стручне екскурзије, курсеви и сл.) и учествује у издавачкој делатности кроз објављивање радова у стручној периодици, уступањем интерне документације за друге потребе;
Кроз свој рад најбоље се афирмише и врши презентација културне баштине као важне стратешке тачке у културном развоју региона.